Io ti direi Mikkeli, che è più grande e c'è più vita. Certamente Savonlinna è davvero più carina, ma è molto più piccola e dopo qualche mese magari il castello ti viene un po' a noia. Inoltre Mikkeli si trova in una posizione strategica (da quanto ho letto sulla Lonely Planet ci sono anche diverse strutture militari) ed è quindi più comoda come punto di partenza per visitare il resto della Finlandia, specialmente città come Helsinki, Tampere, Lahti o Jyväskylä: ad esempio da Savonlinna a Helsinki sono 4 ore e mezza di treno, da Mikkeli la metà.
Ovviamente tutto dipende dai tuoi gusti e da quello che vuoi fare e vedere!
Se l'Università è la stessa (la Mikkeli AMK per caso?), non dovrebbe esserci molta differenza nel livello di preparazione e nella qualità delle strutture, se non appunto le dimensioni. In ogni caso, goditi l'Erasmus dovunque tu vada!
Qui ci sono informazioni utili su Mikkeli e sul programma Erasmus lì.